De acuerdo al Reglamento de Funcionamiento vigente (RES.EXTA. FACSOJUR N°0.111/2020), la unidad responsable del programa de Magíster en Antropología es la Facultad de Ciencias Sociales y Jurídicas (FACSOJUR), El programa cuenta con una Dirección y un Comité Académico a cargo de la coordinación del programa, cuya designación será realizada por la autoridad máxima de Decanatura de la Facultad. El Comité Académico está presidido por el/la Director/a del programa y está compuesto por dos integrantes del cuerpo académico. Para garantizar el buen funcionamiento del programa, se cuenta también con una administración académica encargada de apoyar la ejecución de las actividades propias del Magíster.